Kommerskollegium grundades 1637 men var verksamt från och med 1651, då ämbetsverket slogs ihop med den del av
Kammarkollegium som förvaltade handel, industri och sjöfart. Myndigheten utövades genom kontroll och privilegiering. Kollegiet ansvarade för tullväsendet, utrikeshandeln, allmänna inrikeshandeln och handelspolitiken samt sjöfarten, manufakturer och hantverk. Från 1711 bars
ansvar även för överdomstolen för accis- och tullrätterna, och till 1825 var
Kommerskollegium tillsynsmyndighet över rasp- och spinnhus,
barnhus och hospital.När Manufakturkontoret indrogs 1766, förvaltades den s.k. Manufakturfonden av Kommerskollegium.
Kommerskollegium leddes till 1891 av en president, först kallad generaldirektör. Han biträddes ursprungligen av två kommissarier som rekryterades ur näringslivet.