Från 1625 statlig tjänsteman som tillsammans med häradshövdingen skulle övervaka att kvarndirektiven följdes. Speciellt viktigt var att verkställa förbudet mot allmogens husbehovskvarnarkvarnar, ifall dessa låg för nära en tullkvarn. Efter 1697 underställdes kvarnkommissarierna kvarnkommissionerna.
myllykomissaari